Bogoljubowo wurde Mitte des 12. Jahrhunderts gegründet und gehört damit zu den ältesten Ortschaften Zentralrusslands. 1158 ließ Andrei Bogoljubski, Großfürst von Wladimir und Susdal, dort seine neue Residenz bauen. Er nannte den neu entstandenen Ort Bogoljubow-gorod und ließ dort als einen der ersten repräsentativen Bauten die Gottesmutter-Geburts-Kirche (1158–1165) errichten, von der heute Teile des Sockels erhalten sind. Auch die heute zum UNESCO-Welterbe zählende Mariä-Schutz-und-Fürbitte-Kirche an der Nerl entstand bei Bogoljubowo um 1165, zur Herrschaftszeit des Andrei Bogoljubski.

Im 12. und 13. Jahrhundert wurde der Ort nach mehreren Angriffen verfeindeter Fürsten sowie während der Invasion der Goldenen Horde größtenteils zerstört und zeitweise dem Verfall preisgegeben. Ende des 12. Jahrhunderts wurden die ehemaligen Gemächer des Großfürsten zu einem neu gestifteten russisch-orthodoxen Männerkloster umfunktioniert. Als Vorort des alten Großfürsten- und Metropolitensitzes Wladimir besaß Bogoljubowo, das zudem am alten Postweg zwischen Moskau und Nischni Nowgorod lag, noch bis ins 16. Jahrhundert hinein Stadtrechte. Den nördlichen Teil des Ortes bildete ein sogenannter Possad, eine altrussische Händler- und Handwerkersiedlung.